工程中心自成立之日起就坚持机制体制创新。为了提高科技成果转化的效率，承接大项目，并保障项目实施质量，工程中心与设计院公司一体化、按照独立的法人实体进行运行，工程中心的主任、副主任担任设计院公司的高管。经过20多年的发展，工程中心建立了“创新、协同、开放、共享”的价值文化，摸索出了一条适合自身可持续发展、具有一定特色的运行模式。
（1） 工程中心面向国家及行业的重大需求，主要从事基础研究和技术开发；设计院公司面向行业及企业的重大需求，主要从事工程应用和行业推广。两者相辅相成，协同配合，实现各个层次的创新；
（2） 工程中心实行大团队运行模式，项目实施、人才培养、资金使用等均采用集中式管理，可以有效组织力量攻克重大工程技术难题，有效地避免了其他模式带来的能力不足、力量分散等问题，有利于工程中心发展壮大；
（3） 工程中心的研发人员来自学校冶金、材料、机械、控制、仪器等优势学科。一方面通过多学科人员的充分协作，可以实现复杂工程的创新，另一方面，也有利于促进学科间的交叉融合，为拓展新材料、智能制造、绿色制造等领域奠定基础；
（4） 按照学校的总体要求，工程中心每年从冶金、材料、机械、控制、仪器等专业招收200多名博士研究生和硕士研究生，通过科教融合、产教融合，为国家及行业培养高端的工程应用型人才，实现技术创新与人才培养的良性互动。
